A função primaria de um treinador é capturar Pokémon selvagem e para isso eles precisam utilizar-se das Pokébolas. Basta tacar uma PokéBola em um Pokémon derrotado para ter a chance de capturá-lo. Caso o Pokémon não seja capturado a Pokébola será gasta, porém o talento da parte Trainer permite que Pokébolas tenham uma chance de ser recicladas após o seu uso, voltando para a bag do jogador.
As Pokébolas mais básicas podem ser compradas no market de qualquer cidade.
Ao comprar 100x Poké Ball o jogador ganhará 10x Premier Ball.
Outra maneira de se obter Pokébolas é através do login diário. Além isso também é possível conseguir Pokébolas através da mastery.
Todas as Pokébolas possuem uma taxa de captura e algumas tem efeitos ativados em situações especificas.
A tabela a seguir mostrar todos os tipos de Pokébolas disponíveis no jogo.
 | Você vê um(a) empty poke ball. A taxa de captura desta bola é de 1x. |
 | Você vê um(a) empty great ball. A taxa de captura desta bola é de 2x. |
 | Você vê um(a) empty ultra ball. A taxa de captura desta bola é de 3x. |
 | Você vê um(a) empty premier ball. A taxa de captura desta bola é de 1x. |
 | Você vê um(a) empty quick ball. É um item único. The catch rate of this ball depends on how many tries: 5x 1-5 ball points, 4x 6-20 ball points, 3x 21-50 ball points, 2x 51-100 ball points, 1x 101+ ball points. |
 | Você vê um(a) empty repeat ball. É um item único. The catch rate of this ball depends on how many Pokemon of its species the trainer caught: 1x 1-6, 2x 7-15, 3x 16-25, 4x 26+. |
 | Você vê um(a) empty friend ball. É um item único. The catch rate of this ball is 1x. Captured pokemon comes with improved IV. |
 | Você vê um(a) empty heal ball. É um item único. The catch rate of this ball is 3x. The Pokemon heals up to 70% of HP’s while resting. |
 | Você vê um(a) empty luxury ball. É um item único. The catch rate of this ball is 3x. The caught Pokemon gets a 10% XP bonus. |
 | Você vê um(a) empty dusk ball. É um item único. The catch rate of this ball is 2x at day and 4x at night. |
 | Você vê um(a) empty dusk ball. É um item único. The catch rate of this ball is 2x at day and 4x at night. |
 | Você vê um(a) empty gaia ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usado apenas em tipos inseto e grama. |
 | Você vê um(a) empty blaze ball. The catch rate of this ball is 4x. Usable only on fire and fairy types. |
 | Você vê um(a) empty avalanche ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usado apenas em tipos água e gelo. |
 | Você vê um(a) empty voltagic ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usada apenas em tipos elétricos e de aço. |
 | Você vê um(a) empty zen ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usado apenas em tipos psíquico e trevas. |
 | Você vê um(a) empty spectrum ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usada apenas em tipos fantasmas e venenoso. |
 | Você vê um(a) empty heremit ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usada apenas em tipos de pedra e terra. |
 | Você vê um(a) empty vital ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usado apenas em tipos lutador, normal e fada. |
 | Você vê um(a) empty hurricane ball. A taxa de captura desta bola é de 4x. Pode ser usado apenas em tipos voador e dragão. |
Além desses Pokébolas existe uma especial, a Xeeter Ball. Essa ball não quebra até que um Pokémon seja capturado por ela.
Você vê um(a) empty xeeter ball. The catch rate of this ball is 3x. This ball is unbreakable.
Essa Pokébola só pode ser conseguida nos tesouros pescados e nas Dungeons.
Existe um NPC que pode trocar a Pokébola que o Pokémon foi capturado, o nome dele é Bojji e ele fica no museu de Rustboro.
