Um dos pontos que determina a força de um Pokémon é a sua Habilidade Especial. Essas habilidades possuem os mais variados efeitos e utilidades. Desde anular o dano recebido por um tipo especifico de ataques até causar o efeito Burn caso o oponente desfira um golpe de contato.
Todos Pokémon possuem no mínimo uma Habilidade Especial e alguns possuem mais de uma opção. Além disso existe uma habilidade secreta que algumas espécies de Pokémon possuem, as chamadas Hidden Ability. Essa habilidade é muito rara de se conseguir e será lançada em breve no Psoul.
Ao capturar um Pokémon ele virá com uma de suas opções de Habilidade de forma totalmente aleatória. Caso o jogador queira mudar a Habilidade do seu Pokémon basta comprar uma Ability Capsule por Hunt Tokens e Tokens de torneio.
Possuindo a Ability Capsule basta clicar com o direito do mouse nela e depois clicar com o esquerdo do mouse na ball do Pokémon que o jogador quer trocar a Habilidade Especial.
Para checar os efeitos da Habilidade Especial basta usar a Pokédex no Pokémon enquanto ele estiver fora da ball.
Para saber quais as Habilidades Especiais estão disponíveis no Pokémon basta checar as informações sobre ele na Pokédex.
Além da Pokédex o jogador também pode acessar o menu de seu Pokémon para saber qual é a sua Habilidade Especial. Essa informação estará logo abaixo do nome dele.